Sejarah terbentuknya Prodi ini adalah bagian dari sejarah berdirinya Universitas Tadulako. Sejarah tersebut dibedakan dalam tiga periode yaitu periode status swasta (1963-1966), periode cabang (1966-1981), dan periode UNTAD Negeri berdiri sendiri (sejak tahun 1981).

Periode Status Swasta (1963-1966): Cikal bakal dari Prodi Pendidikan Matematika adalah Jurusan Matematika pada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, salah satu dari empat fakultas di Universitas Tadulako saat didirikan pada tanggal 8 Mei 1963 dengan status Swasta. Selanjutnya, pada tanggal 12 September 1964 ditingkatkan statusnya menjadi “TERDAFTAR” sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 94/B-SWT/P/64. Periode Cabang (1966-1981): Jurusan Ilmu Hayat dan Jurusan Matematika pada periode swasta selanjutnya menjadi Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta, sebagai salah satu dari tiga fakultas pada Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Ujung Pandang Cabang Palu yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 2 Tahun 1966 tanggal 1 Januari 1966.

Universitas Tadulako Negeri Berdiri Sendiri (sejak tahun 1981): Bergabungnya IKIP Ujung Pandang cabang Palu dengan UNHAS cabang UNTAD menjadi Universitas Negeri yang berdiri sendiri yang diberi nama Universitas Tadulako (UNTAD) dengan lima fakultas sesuai dengan Keputusan Presiden RI Nomor 36 Tahun 1981 tanggal 14 Agustus 1981. FKIP sebagai salah satu fakultas dilingkungan UNTAD yang merupakan penggabungan dari tiga fakultas pada periode IKIP Ujung Pandang cabang Palu, diantaranya adalah Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta menjadi Jurusan Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA). Jurusan tersebut membawahi Program Studi Pendidikan Matematika.

Program studi Pendidikan Matematika resmi ditetapkan sebagai satu diantara program studi yang berada di FKIP UNTAD pada tahun 1984. Hal ini ditetapkan melalui Surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi departemen pendidikan dan kebudayaan RI No. 110/ DIKTI/ KEP/ 1984 tentang Jenis dan Jumlah Program Studi Disetiap Jurusan Pada Fakultas di Lingkungan Universitas Tadulako.